Pas akuzave për blerjen e të drejtës së organizimit të Botërorit 2006, mes tij dhe organit më të lartë të futbollit gjerman ka nisur një betejë në distancë. Legjenda e Bayernit dhe Gjermanisë nuk arrin të kontaktojë me drejtuesit e federatës për të bërë të ditur versionin e tij dhe kjo ka bërë që ai të hidhet në kundërsulm duke e drejtuar gishtin ndaj presidentëve në detyrë Rainer Koch e Reinhard Rauball.
Kajzeri akuzohet se ka bashkëpunuar me zyrtarë të lartë të FIFA-s duke u premtuar disa miqësore dhe bileta për ndeshjet, duke ndikuar në këtë mënyrë te votimi për vendin organizator. Federata ka kërkuar që Beckenbauer të flasë për akuzat, por mesa duket marrëdhëniet mes tyre janë të ngrira.
Në një intervistë dhënë për “Sueddeutsche Zeitung”, ai shprehet se dy krerët e federatës nuk i kanë kthyer asnjë përgjigje.
“Çfarë sjellje është kjo? I njoh këta njerëz prej shumë kohësh dhe një ditë të bukur i shikoj në televizor duke bërë deklarata të tilla? Ku përfundoi klasi i njerëzve?”, pyet Beckenbauer, i cili shton se mbetet i qetë dhe do ta sqarojë shumë shpejt pozicionin e tij.
Beckenbauer ka pasur detyrën e presidentit të Komitetit Organizator të Botërorit 2006. Ai akuzohet se ka paguar 6.7 milionë euro për të blerë vota në favor të Gjermanisë.
Beckenbauer e ka pranuar se ka pasur një gabim në mënyrën se si FIFA është paguar, por ka mohuar kategorikisht akuzën e blerjes së votave.
