Flamurtari aktualisht luan në nivelin më të lartë të futbollit kosovar.
Në vitin 1968 u themelua nga katër miq. Rizah Ismaili me vëllain e tij Ismet Ismaili dhe Ibrahim Prapashtica me vëllain e tij Fehmi Prapashticë.
Emri i klubit u propozua nga Agim Sedllari.
Flamurtari ishte finalist i Kupës së Kosovës në sezonin 2006-07, ku humbi 3-0 në penallti ndaj Lirisë në finalen e zhvilluar në Prishtinë.
Nga viti 1992 deri në vitin 1999, Flamurtari e ka fituar Kupën e Kosovës dy herë.
Flamurtari është ekipi i dytë më i madh në Prishtinë.