Klubi gjerman arriti marrëveshje me blutë për të angazhuar sulmuesin peruan, i cili rikthehet në klubin e Bundesligës, kësaj here si i përhershëm. 30-vjeçari shënoi 17 gola sezonin e kaluar dhe ndihmoi Werderin ta fitojë Kupën e Gjermanisë.
Pizarro ishte pjesë e Werderit edhe në periudhën nga viti 1999 deri në vitin 2001, pas të cilës u transferua në Bayern Munich.